我博士生导师说我的巨噬细胞课题思路都零零散散的，其实我的思路只是都住的单间，人家高分文章的思路才住的套间！研究巨噬细胞在微环境中的互作，其实应该是挺有意思的，但就算是十几分的文章，也有写得零零散散的。今天看的这篇文章是南京大学附属鼓楼医院的博士发表在13.3分的Journal Of Clinical Investigation上的文章。怎么说呢？看完这篇文章，一时会反应不过来他们做这个研究时思路是什么（也就是说，从整篇文章的角度来看，缺乏一个逻辑推理递进的过程，课题的严谨性就在于逻辑的推理和假设的迭代，不清楚的话，可以先去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》）。我们就来看看他们做了什么吧：
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他们研究的内容是子宫内膜异位症，这是一种慢性炎症相关的疾病。于是他们提出的假设就是，在这样的疾病中，可能可能存在某种基因的表达差异，导致了慢性炎症。于是他们进行了单细胞测序（下面这种UMAP图的示意图，应该差不多就是这么个意思，主要是通过不同的基因表达的多维主成因分析，并降维获得的，通过这样的UMAP图也能展示出各个基因在细胞亚群中的表达，不清楚UMAP图或者tSNE图的话，可以去看看《夏老师带你读文献》和《列文虎克读文献》）通过对于微环境中免疫相关细胞的分析，他们发现在子宫内膜异位症微环境中的巨噬细胞里，存在有大量的TET3基因高表达现象：
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那么，在子宫内膜异位症微环境中的巨噬细胞里，为什么会有这样的TET3高表达现象呢？他们就假设，可能是由于子宫内膜异位症的病灶中，存在有某些细胞因子，导致了巨噬细胞的TET3基因的高表达。而子宫内膜异位症女性腹膜腔中TGFβ及MCP1的表达水平升高，于是他们就假设可能是由于TGFβ及MCP1这样的细胞因子驱动了巨噬细胞的TET3高表达。通过子宫内膜永生化基质细胞的培养基上清，来诱导巨噬细胞后，他们发现巨噬细胞中的TET3表达上调。而在培养基上清中，加入了TGFβ与MCP1的拮抗剂，则能抑制巨噬细胞的TET3表达（这就是柯霍氏法则的验证，通过移入或移除关键因子，来分析对于TET3的表型。虽然这里可以确定TGFβ及MCP1是可以激活巨噬细胞TET3表达的，但后续并没有跟进具体的机制，不清楚柯霍氏法则的话，可以去看看《轻松的文献导读》和《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》）：
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接着他们又想到了TET3的表达对于巨噬细胞本身会产生什么样的影响，通过对于巨噬细胞中TET3的敲减，他们发现敲减TET3后，会导致巨噬细胞的死亡。也就是说TET3的高表达维持了巨噬细胞的活性：
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接着他们就想通过药理学方法来抑制TET3的表达，他们选取了一个胞嘧啶衍生物Bc，Bc可以通过结合TET的催化结构域抑制TET3功能。而他们发现Bc还能通过招募VHL来降解TET3（VHL是形成RING结构域的E3连接酶复合物中的一个亚基，是可以对底物进行泛素化修饰的，不清楚泛素化修饰的话，可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列复习下），也就是说Bc能促进TET3的泛素化降解：
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刚才说了TET3是维持巨噬细胞活性的关键，于是他们假设，巨噬细胞的促炎反应是否也受到了TET3的调控？通过对TET3的抑制，他们发现TET3敲减后，LPS对于巨噬细胞的促炎性因子的激活被削弱了：
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体内实验则验证了，髓系细胞的特异性敲除TET3，或者使用Bc，都能缓解子宫内膜异位症的症状和病变体积：
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最后可能是为了补充TET3调控下游促炎性因子的机制，他们就随便找了一个miRNA来分析了一下。通过在TET3高表达的巨噬细胞中，过表达Let7a，来分析LPS诱导的促炎性因子的表达情况（这里其实熟悉《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列的同学都应该清楚了，这里犯了肯定后件的逻辑谬误，由于不是直接关系，所以不能这样来进行验证）：
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最后他们就形成了这样的示意图，子宫内膜异位症微环境中的TGFβ及MCP1细胞因子，激活了巨噬细胞的TET3的表达，TET3通过抑制miRNA的表达，促进了促炎症因子IL1β和IL6的表达。而这两种促炎性因子，则加重了子宫内膜异位症的症状。通过使用Bc能促进TET3结合VHL，造成了TET3的降解，引发巨噬细胞的活性降低，产生凋亡，缓解子宫内膜异位症：
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看完这篇文章，其实不难发现，在这个研究的过程中，机制分析是很凌乱的。上游的TGFβ及MCP1对TET3的激活做了，但没有深入，下游的Let7a对于IL1β和IL6的表达是什么机制，也没讲清楚。这篇文章能确定的，就是TET3在巨噬细胞中的过表达，会影响子宫内膜异位症。其他机制都做了，但不多。如果深入研究的话，应该会比现在呈现的文章完整性更好。好了，今天就先策到这里吧，有兴趣的话可以看看原文，祝你们心明眼亮。
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