【前沿进展】NGS vs RT-qPCR，检测非小细胞肺癌EGFR突变，谁更胜一筹？

研究回顾性检索了2018年1月至2022年12月期间，通过NGS DNA基础面板（SiRe®面板）检测的1312例晚期NSCLC患者的分子数据。将NGS结果与四种常用的RT-qPCR检测方法（cobas® EGFR Mutation Test v2、EasyPGX® ready EGFR、Idylla™ EGFR mutation test和therascreen® EGFR Plus RGQ）的参考范围进行比较。

NGS成功分析了1208个（92.1%）样本。在192例（15.9%）患者中检测到234个EGFR突变。具体而言，NGS检测到外显子18有13个（5.6%）突变，外显子19有105个（44.9%）突变，外显子20有57个（24.3%）突变，外显子21有59个（25.2%）突变。

与NGS相比，所有RT-qPCR方法在检测EGFR罕见突变方面均存在不足。具体而言，cobas® EGFR Mutation Test v2未能检测到NGS方法识别的32种EGFR改变中的13种（40.6%），遗漏了19个突变（8.1%）。EasyPGX® ready EGFR遗漏了18个突变（7.7%），Idylla™ EGFR mutation test遗漏了18个突变（7.7%），therascreen® EGFR PlusRGQ遗漏了19个突变（8.1%）。

所有RT-qPCR方法均无法检测到一些罕见的EGFR突变，例如：

外显子18：p.E709_T710delinsD、p.V689_HfsTer25

外显子19：p.E746_R748del、p.I744_K745delinsKIPVAI、p.V738_I744del、p.S752_I759del

外显子20：p.G810D、p.H773_V774insNPH、p.N771_H773dup

此外，不同RT-qPCR方法对某些特定突变的检测能力也存在差异。

NGS与RT-qPCR在EGFR突变检测中的优劣对比

（1）多重检测能力：

NGS 能够同时对多个基因的多个位点进行测序分析，而 RT-qPCR 一次只能针对少数已知突变位点进行检测。在本研究中，NGS 共检测到 234 个 EGFR 突变，分布在多个外显子（18、19、20、21），而 RT-qPCR 方法由于其检测范围有限，遗漏了大量突变，尤其是罕见突变。

（2）检测罕见和新突变：

RT-qPCR 方法依赖于已知突变位点的探针设计，对于未知的或罕见的突变无法有效检测。NGS 不依赖于探针设计，可以检测到所有类型的突变，包括点突变、插入、缺失等。本研究中，RT-qPCR 方法未能检测到一些罕见但具有临床意义的 EGFR 突变，例如外显子 18 的 p.E709_T710delinsD 和外显子 20 的 p.G810D 等。

（3）指导治疗决策： 

越来越多的研究表明，不仅常见的 EGFR 突变，罕见突变也对 EGFR TKIs 敏感。例如，EGFR 外显子 18 的某些突变对第二代 EGFR TKI更敏感。此外，EGFR 突变与其他基因突变（如 TP53、PIK3CA、KRAS、BRAF）共存的情况也会影响治疗反应和预后。NGS 可以全面分析患者的基因组信息，为临床医生提供更精准的治疗依据。

（1）成本效益：

RT-qPCR 方法成本相对较低，仪器设备普及程度高，更易于在资源有限的地区推广。NGS 成本较高，且对实验室设备和技术人员要求更高。
 
（2）检测速度快： 

RT-qPCR 操作简单，检测周期短，通常可以在 1-2 天内获得结果。NGS 流程复杂，检测周期较长，通常需要 5-7 天。

（3）适用于常见突变筛查：

RT-qPCR 对于常见 EGFR 突变（如外显子 19 缺失和外显子 21 点突变）的检测灵敏度和特异性较高。在临床实践中，对于初筛或资源有限的情况下，RT-qPCR 可以作为快速筛查工具。

NGS 在检测 EGFR 突变方面具有显著优势，特别是对罕见突变和需要全面基因组信息的患者。RT-qPCR 仍然是重要的检测手段，特别是在资源有限的情况下。临床实践中，应根据患者的具体情况和资源可及性，综合考虑选择合适的检测方法。未来，随着技术的进步和成本的降低，NGS 将在 NSCLC 基因检测中发挥越来越重要的作用，为患者提供更精准的个体化治疗。

审批编号：CN-150754 有效期至：2025-3-26

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